Strona 2: Charakterystyka głównych bohaterów
Ambroży Kleks, znany jako Pan Kleks, to tytułowy bohater powieści, założyciel, dyrektor i jedyny nauczyciel w Akademii. Jest postacią niezwykłą, posiadającą nadprzyrodzone zdolności - potrafi wszystko, a prawa logiki i fizyki go nie dotyczą. Charakterystyczną cechą Pana Kleksa jest to, że bardzo ceni piegi.
Przykład: Pan Kleks potrafi zmniejszać się do rozmiarów szpilki lub powiększać do rozmiarów olbrzyma, co ilustruje jego niezwykłe umiejętności.
Szpak Mateusz to kolejna niezwykła postać - ptak obdarzony darem mowy. Jego historia jest równie fascynująca co tragiczna: niegdyś był księciem, ale zabijając króla wilków ściągnął na siebie zemstę pozostałych zwierząt. Śmiertelną ranę Mateusza wyleczył tajemniczy doktor Paj-Chi-Wo.
Filip Golarz pełni w powieści rolę antagonisty. Jest dostawcą piegów do Akademii, ale gdy Pan Kleks odmawia przyjęcia jego synów do szkoły, Filip postanawia się zemścić. Konstruuje lalkę o imieniu Alojzy, którą wraz z "bratem" Anatolem wprowadza do Akademii, co prowadzi do jej zniszczenia.
Pozostali bohaterowie Akademii pana Kleksa to uczniowie, stanowiący bohatera zbiorowego. Cechą charakterystyczną jest to, że imię każdego z nich musi zaczynać się na literę A. Uczniowie są przyjaźni, obowiązkowi i wspierają się nawzajem.