Układy oddechowy i pokarmowy
Układ pokarmowy ryb składa się z odcinka skrzelowego, krótkiego przełyku, żołądka, jelita cienkiego (do którego uchodzą przewody z wątroby i trzustki), jelita grubego oraz otworu odbytowego. U ryb chrzęstnoszkieletowych występuje kloaka, do której uchodzą przewody układu pokarmowego, rozrodczego i wydalniczego.
Skrzela to główny narząd wymiany gazowej, znajdujący się w komorach śluzowych. Składają się z łuków skrzelowych, listków (wąskie, unaczynione taśmy) oraz blaszek skrzelowych (płaskie, poprzeczne fałdy). U ryb o kostnym szkielecie skrzela są przykryte pokrywami skrzelowymi, a u chrzęstnoszkieletowych mają odrębne ujścia.
Ryby dwudyszne posiadają płuca umożliwiające oddychanie powietrzem atmosferycznym. Pęcherz pławny pełni funkcję narządu hydrostatycznego - umożliwia regulację głębokości zanurzenia, a także uczestniczy w przekazywaniu fal dźwiękowych. U pstrąga pęcherz jest otwarty, u okonia zamknięty, a rekiny w ogóle go nie posiadają.
Ciekawostka: Tryskawka u dorosłych ryb chrzęstnoszkieletowych to pierwsza drożna szczelina skrzelowa, przez którą do gardzieli dostaje się czysta woda bez zanieczyszczeń z dna. Jest to ważna adaptacja dla gatunków żyjących przy dnie.