Inkwizycja, cenzura i wojny religijne
W 1542 roku, jeszcze przed soborem, odnowiono inkwizycję papieską – instytucję, która miała zapobiegać rozwojowi reformacji. Jej działania były często bezwzględne – Galileusza zmuszono do odwołania poglądów i skazano na areszt domowy, a Giordano Bruno został spalony na stosie w 1600 roku za głoszenie panteizmu.
Kościół wprowadził również surową cenzurę. W 1599 roku stworzono indeks ksiąg zakazanych – listę książek uznanych za heretyckie i niezgodne z nauką Kościoła. Księgi te były publicznie palone, a indeks funkcjonował przez ponad 400 lat, ograniczając swobodę myśli i rozwój nauki.
Konflikty religijne nieraz przybierały formę krwawych wojen. We Francji rywalizacja między katolikami a hugenotami (francuskimi protestantami) doprowadziła do wybuchu wojny domowej. Jednym z najdramatyczniejszych wydarzeń była noc św. Bartłomieja 23/24sierpnia1572r., kiedy to doszło do masowych mordów hugenotów.
Wojny religijne we Francji zakończył dopiero edykt nantejski wydany w 1598 roku przez króla Henryka IV, który wcześniej, by objąć tron, musiał przejść na katolicyzm, wypowiadając słynne zdanie "Paryż wart jest mszy".
Ciekawostka: Indeks ksiąg zakazanych został ostatecznie zniesiony dopiero w 1966 roku, choć jego wpływ na kulturę europejską malał już od XIX wieku.